壹、总体说明
《巴蜀全书》工程力图对巴蜀文献进行较全面调查收集和系统整理，特别是要对从先秦迄于晚清民初历代巴蜀学人撰著或其他作者撰著的反映巴蜀历史文化的重要典籍，进行精心整理研究，予以出版。编纂方式包括：编制《巴蜀文献联合目录》（2000余种）、编纂《巴蜀文献精品集萃》（500余种）、再造《巴蜀文献珍本善本》（100余种）。
贰、选目原则
一、所谓“巴蜀文献”是指历代巴蜀籍和长期流寓巴蜀的学人所撰的著作，以及其他学人所撰以记载巴蜀历史和文化为主要内容的著作。此次整理的重点对象是：从先秦至清末民初期间产生的用汉语言记录的巴蜀文献，少数民族语言写录巴蜀文献的整理拟另行安排。
二、《精品集萃》选目，主要包括：一、选录历代学人（包括巴蜀籍和长期流寓巴蜀）所撰具有学术性、思想性、文学性或资料性，能够反映巴蜀文化特别是“蜀学”发展历史和成就的著作；二、挑选主要记录和研究巴蜀历史文化，并为当代研究和建设巴蜀文化所急需的各类著作。
三、《联合目录》选目，收录现在仍然保存的从先秦至清末民初期间产生的巴蜀文献，包括这些作品的重要改编、注释和研究等衍生性著作，每种书都作为独立或互见条目出现。
四、珍本选目：是巴蜀地区所收藏巴蜀文献的名家精校、精刻、精注、精研本，或抄本、孤本和其他善本；酌收个别省外甚至海外收藏的复本不多的巴蜀文献重要善本。
五、为保持历史文献的本来面貌和内容完整，所选各书皆尽可能均为足本，对其内容进行分割或删节。
七、《精品集萃》所收各类书籍，原则上不在各部类间重复收录，如个别专著已经在所收全集、总集或其他文集中出现，分类目录中只作存目或互见处理，不再原文收录该专著。但如果整理方式不同（如全集只有校点，专著则有校注），也可以分类收入相关部类。《珍本善本》意在保存珍稀版本，同种书如有不同版别的善本，则可以同书多版再造。
八、《精品集萃》和《珍本善本》的所有选目，皆由《巴蜀全书》编纂小组提出，经专家小组和领导小组审议批准后实施。其他单位或个人如果需要增加选目，应当提出书面申请，条列增加理由，经专家小组和领导小组批准后，可列入整理计划。
